วันที่ 23 มกราคม 2537 มี พ.ร.ฎ.แบ่งส่วนราชการกรมตำรวจกระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ 22) ให้ยกเลิกกองตรวจคนเข้าเมืองจัดตั้งสำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ด่านตรวจคนเข้าเมืองปากพนัง จึงได้ถูกยกเลิก ได้รับการตั้งใหม่เป็น “ด่านตรวจคนเข้าเมืองนครศรีธรรมราช ตม.3” สังกัดสำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ขึ้นตรงต่อสำนักงานตำรวจแห่งชาติ และได้ย้ายมาตั้งอยู่ที่บ้านเลขที่ 37 ถนนนครศรี-ปากพนัง ต.ในเมือง อ.เมือง จ.นครศรีธรรมราช
วันที่ 1 ตุลาคม 2547 ตม.จว.นครศรีธรรมราช ย้ายมาตั้งอยู่เลขที่ 1/2 ซอยหอไตร 4 ถ.พัฒนาการคูขวาง ต.ในเมือง อ.เมือง จ.นครศรีธรรมราช ขึ้นตรงต่อกองตรวจคนเข้าเมือง3 สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองสำนักงานตำรวจแห่งชาติ
วันที่ 23 มิถุนายน 2548 ได้มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างจากขึ้นตรง ตรวจคนเข้าเมือง 3 มาเป็นศูนย์ตรวจคนเข้าเมืองภาคใต้
วันที่ 6 กันยายน 2552 มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2552 เล่ม 126 ตอนที่ 65 มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างใหม่จากเดิม ชื่อ ด่านตรวจคนเข้าเมืองนครศรีฯ เป็น “ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดนครศรีธรรมราช” กองบังคับการตรวจคนเข้าเมือง 6
